Druhou až čtvrtou knihu

a část páté zabírá nerozhodná část peloponnéské války (léta 431-421). Nikiův mír považoval původně za trvalejší, než skutečně byl. Šestou a sedmou knihu věnuje dramatickému a velkolepému líčení nakonec katastrofální athénské výpravy na Sicilii (léta 415-413). Osmou knihou začíná podrobný výklad o poslední fázi války, tzv. dekelejské válce, který měl dospět až k pádu Athén r. 404.
Na nedokončené Thukydidovo dilo navázalo několik pozdějších historiků. Patrně nejvýznamnější pokračování, Theopompovo, se nám nezachovalo, zachované pokračování Xenofontovo se svou kvalitou nedá s Thukydidem měřit.