Do druhé časové vrstvy

je možno zařadit ty gnostické spisy, které již znaly židovskou snahu napodobit gnozi a přivlastnit si ji, a které právě proto židovství odsuzují a s ním bojují (např. Tajný spis Jana (NHC II,1), Evangelium Egypťanů (NHC III,2), Svědectví pravdy (NHC IX,3), Myšlenka naší velké síly (NHC VI,4) aj.) anebo do kterých, přestože jsou protižidovské, již pronikly některé židovské interpolace (např. Tomášovo evangelium (NHC II,2), Výklad gnoze (NHC XI,1) či Valentinský výklad (NHC XI,2) aj.) a které proto vytvářejí chaos v původní gnostické theologii.
Do třetí skupiny potom patří časově nejpozdější vrstva spisů, které jsou již víceméně zřetelně židokřesťanské, avšak ještě stále dosvědčují gnostický původ celého myšlenkového proudu (např. Reginův dopis (NHC I,4), Podstata archontů (NHC II,4), Vidění Adamovo (NHC V,5) aj.). Do gnostických spisů začínají pronikat vize tělesného a na kříži trpícího "beránka" a prolévání jeho krve, pasáže z židovské Tóry se objevují jako "také" dodatky v přívěsu za gnostickými myšlenkami, v několika případech máme k dispozici dokonalé židovské parafráze gnostického vidění světa - např. Druhá apokalypsa Jákoba (NHC V,4).