1576-1611 vládne Rudolf II., přenese sídlo z Vídně do Prahy.
Bratr Matyáš rozpoutal proti Rudolfovi stavovský odboj, čeští stavové zůstali na Rudolfově straně pod podmínkou, že vyhoví jejich požadavkům. Rudolf se vzdal Uher ve prospěch Matyáše.
1609 – vydal Majestát na náboženskou svobodu (potvrzení české konfese, nikdo nesmí být nucen proti své vůli ke katolictví).
1611-1619 českým králem Matyáš (1612 i císařem Sv. říše římské), vrátil sídlo do Vídně, zemi spravovali místodržitelé, v Evropě se vyhrotily spory mezi katolíky a protestanty.
V Čechách: Majestát byl porušován, odpověď: sjezd nekatolických stavů v Praze skončil defenestrací 2 místodržících a písaře (1618). Královská moc byla svržena, vznikla zemská vláda třiceti direktorů.