1531 – Ferdinand I. se stal spoluvladařem Svaté říše římské
Střety panovníků a stavů – proti Ferdinandovi vznikla stavovská opozice (šlechta i města). Čeští stavové se 1547 postavili na stranu protestantských říšských knížat proti králi, ale v bitvě u Mühlberka Ferdinand zvítězil a odboj potlačil.
1556 – Ferdinand I. císařem Svaté říše římské, v Čechách upevňoval centralismus a povolal jezuity (zřídili katolickou univerzitu – Klementinum).